Het Huis voor Klokkenluiders is een zelfstandig bestuursorgaan (zbo). Het Huis legt daarbij alleen verantwoording af aan de minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties (BZK) over de financiële bedrijfsvoering. De minister van BZK kan niet het beleid van het Huis bepalen. Ook besluiten die het bestuur neemt, kan de minister niet terugdraaien. Een ander belangrijk punt is dat de minister géén inlichtingen mag vragen over zaken die het Huis behandelt.
